Cubit Static Data: Application Support

The static_data/app_support directory contains all data files that are shipped with a software package installed in cubit. For blast this is not complete and more databases can be added upon request.

static_data/app_support
├── blast
│   └── variable
│       ├── nt
│       └── refseq_protein
├── Delly
│   ├── 0.6.5
│   ├── 0.6.7
│   ├── 0.7.1
│   ├── 0.7.2
│   ├── 0.7.3
│   └── 0.7.5
├── GATK_bundle
│   └── 2.8
│       ├── b37
│       └── hg19
├── Jannovar
│   ├── 0.14
│   └── 0.16
├── kraken
│   └── 0.10.5-cubi20160426
│       ├── bacvir
│       └── minikraken_20141208
├── Oncotator
│   └── v1_ds_Jan262015
│       ├── 1000genome_db
│       ├── achilles
│       ├── cancer_gene_census
│       ├── ccle_by_gene
│       ├── ccle_by_gp
│       ├── clinvar
│       ├── cosmic
│       ├── cosmic_fusion
│       ├── cosmic_tissue
│       ├── dbNSFP_ds
│       ├── dbsnp
│       ├── dna_repair_genes
│       ├── esp6500SI_v2
│       ├── esp6500SI_v2_coverage
│       ├── familial
│       ├── gencode_out2
│       ├── gencode_xrefseq
│       ├── hgnc
│       ├── mutsig
│       ├── oreganno
│       ├── override_lists
│       ├── ref_hg
│       ├── simple_uniprot
│       ├── so_terms
│       ├── tcgascape
│       ├── tumorscape
│       ├── uniprot_aa_annotation
│       └── uniprot_aa_xform
└── SnpEff
    └── 4.1
        └── data
            ├── GRCh37.75
            ├── GRCh38.79
            ├── GRCm38.79
            ├── hg19
            ├── hg38
            └── mm10